1、学制不相同
自考本科其实并没有学制，严格来说是指大自考，因为考生只需要按时参加自己报名的所有科目的考试，当所选专业课程全部通过，便达到了自考毕业标准，可以申请毕业拿证。而三本属于全日制，本科学制4年。
2、二者学杂费不一样
自考本科分两种形式，大多数人选择的是大自考，以大自考为例，大自考面向社会，考试形式固定，学习方式几乎没有要求，所以本科不存在学杂费，考生只需要按时缴纳考试费用即可(平均每科100元左右)。
三本大多数属于民办，学费是比一、二本要更高的。再加上三本本身只能选择全日制的学习方式，这项支出就很高了。根据相关数据，普通学生在学校每年需要花费3万元左右。
3、学历证书不同
自考本科毕业证书上会标注自考字样，这也就区分开了自考学历和统招学历，自学学历证书是由省考颁发的，主考学校副署。而三本属于统招，学历证书由教育部颁发。
4、自考本科和三本哪个好
如果考生比较在意学费支出和时间，那么无疑三本会显得不具有优势，自考本科毕竟是面向所有群体的，非常灵活。
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